月经呈褐色而且量少有可能是宫外孕，如果既往月经量正常，这次量少呈咖啡色，有性生活的女性应该首先排除怀孕，可以查HCG，如果结果为阳性，可能是先兆流产、自然流产或者宫外孕，可以结合B超综合判断。如果宫内、宫外都没有发现孕囊，可以观察后再复查。
如果HCG结果为阴性，没有怀孕的可能性比较大，要查卵巢功能、性激素、甲状腺功能、AMH，以及做B超检查卵泡，综合判断是哪种情况。如果卵巢功能正常则可以观察，卵巢功能减退可能需要补充雌孕激素治疗。