肝包虫囊肿的治疗首选外科手术，术中应注意将虫囊取尽，并避免囊液外溢造成过敏性休克或继发性腹腔感染。对早期的小棘球蚴，可使用药物治疗，目前以阿苯达唑疗效最佳，亦可使用吡喹酮、甲苯达唑等。
一、药物治疗
阿苯达唑与甲苯达唑是抗棘球蚴的首选药物，甲苯达唑问世后，在治疗棘球蚴病方面逐渐取代甲苯达唑，其血清浓度比甲苯达唑高100倍，棘球蚴囊液中浓度比甲苯达唑高60倍。目前国内研制出的阿苯达唑乳剂比阿苯达唑片的利用率和治疗效果更高，阿苯达唑乳剂远期治愈率为74.1%，而阿苯达唑片的远期治愈率仅为36%。
二、手术治疗
1、内囊摘除术：外科手术为根治本病的首选方法，应争取在压迫症状或并发症发生前施行。术时先用细针将囊液抽去(慎防囊液外溢)，然后将内囊摘除。内囊与外囊仅有轻度粘连，极易剥离，常可完整取出。目前主张外科手术联合药物治疗，可取得良好效果。推荐术前联合用药3个月，并且术后继续药物治疗至少1个月。
2、微创治疗：包括PAIR术和腹腔镜手术。PAIR术即棘球蚴囊肿的穿刺、引流、局部杀棘球蚴药物的注射以及再穿刺。分析显示，联合阿苯达唑或甲苯达唑(甲苯咪唑)的PAIR术较常规外科手术的临床疗效更为安全有效，具有住院时间短，发病率、病死率及复发率低的优点。腹腔镜与传统开腹手术相比具有创伤小、住院时间短等优点，但由于棘球蚴病的治疗仍然存在着术中播散、术后复发等严重并发症以及复杂部位的病例选择等问题。因此，目前多与有效的抗棘球蚴药物联合应用。国内报道肝棘球蚴腹腔镜术前服用阿苯达唑3~6个月，待棘球蚴头节杀灭后再手术，有助于防止棘球蚴种植和复发。