新生儿颅内出血主要的后遗症为脑积水，由于出血之后大量的红细胞碎片，以及纤维蛋白阻塞脑脊液循环的通路，可以发生脑室扩大、脑积水、脑室周围白质损害，有可能会发生继发性的癫痫、认知功能障碍、视觉损害、神经发育迟滞峰等表现。所以根据出血部位的不同及出血量多少，最后发生的后遗症也不同。
新生儿颅内出血的后遗症和出血部位、出血量密切相关，一般蛛网膜下腔少量的出血，都不会留下神经系统的后遗症。如果颅内出血是在三级及三级以上，也就是脑室出血伴有脑室扩大，脑实质出现损伤，在新生儿期发生神经系统后遗症的可能性较大。