在治疗甲状腺肿的时候，药物的选择多种多样，甲亢可以应用对抗甲亢的药物，甲状腺功能低下可以选用甲状腺素类药物。因此，对于甲状腺肿，所谓的药物治疗根据疾病的情况来具体决定。小剂量碘作为合成甲状腺素的原料，补充摄入的不足，用于预防单纯性甲状腺肿。
甲状腺肿，尤其是地方性甲状腺肿，在目前的中国社会中已经很少见到。因为地方性甲状腺肿主要是由于长期缺乏碘剂的摄入，由于我国的食盐大多数是加碘盐，对于预防地方性甲状腺肿起到了非常重要的作用。加碘的食物有时对甲状腺病的患者也不适用，尤其是甲亢的患者，由于碘是甲状腺素的重要合成原料，如果甲亢患者过多食入含碘食物，对于甲亢的症状控制十分不利。