阴道斜隔一经明确诊断，应立即行手术治疗，切除斜隔，引流脓液以及积血。
一、药物治疗
本病一般无需药物治疗，只有阴道斜隔引起盆腔感染时，需对症治疗，可根据患者的具体情况，在医生指导下选择合适抗生素。
二、手术治疗
1、传统的阴道斜隔切除术：阴道斜隔的首选术式，操作简单，安全有效，但不适合无性生活的患者。这种手术宜在影像学提示隔后腔积血较多时或月经来潮时进行，手术的关键在于确定阴道斜隔在阴道的部位以及隔孔的位置。
2、腔镜联合检查切除斜隔：采用宫腹腔镜联合，目前已成为青春期无性生活史的患者的首选方式。其优势在于可以详细观察斜隔的分类，斜隔孔的位置，子宫形态，同时进行斜隔切除的治疗，在解除梗阻的基础上还可保护患者的处女膜。
3、隔后腔子宫切除：除无生育要求的患者，一般不主张采用此术。除非患者无生育要求，且反复并发感染等严重并发症等情况下，可考虑单侧或者双侧的子宫切除术。对于合并斜隔侧子宫颈闭锁的病人，应行闭锁侧子宫切除术。