对于先天性心脏病的治疗，主要有外科手术方法。外科手术要根据心脏畸形的种类和病理、生理改变程度等综合因素，来确定手术方法，手术可分为根治手术、姑息手术、心脏移植。
根治手术可以使患者的心脏恢复到正常人的结构，严重的终末性心脏病需要心脏移植。
姑息手术只能起到改善症状的作用，得不到根治的效果，主要用于目前尚无根治方法的复杂性先天性心脏病，如改良手术，或者作为一种预备手术措施，促使原来未发育完善的结构生长发育，为根治手术创造条件。