胚胎停育的原因包括胚胎本身发育不良，比如有染色体异常或者是基因异常，还有可能是男方的精液有问题，可能是精子的活力比较低，DNA的碎片比较多。
还有可能是女性有子宫发育上的畸形，或者是女性有免疫相关的异常或内分泌相关的异常。内分泌相关的异常，主要指的是甲状腺功能亢进和甲状腺功能减低，这两种疾病都可能引起胚胎停止发育，或者是女性有严重的糖尿病、胰岛素抵抗。还有可能是女性有免疫相关的异常，常见的是抗磷脂综合征，对于这样的孕妇在怀孕的时候需要给予免疫制剂进行治疗，并且需要用抗凝的药物，常用的是低分子肝素来进行抗凝治疗。