重症肌无力是一种获得性的自身免疫性疾病，主要是神经肌肉接头处，突触后膜上的乙酰胆碱受体受损引起。乙酰胆碱受体可能存在一个特异性抗原，当患者免疫机制发生异常时，机体会将乙酰胆碱受体上的抗原识别为外来抗原并进行攻击，从而造成乙酰胆碱受体损伤，使患者出现重症肌无力的症状。患者有胸腺瘤或者胸腺增生，也可能合并其他自身免疫性疾病，比如甲状腺功能亢进、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等，免疫异常会使患者的自身免疫功能发生紊乱，大多数和外界病毒感染诱发有关。患者的乙酰胆碱受体抗体是介导疾病的主要因素，在细胞免疫和补体共同参与下导致乙酰胆碱受体被破坏。