植发后遗症的主要病因与植发手术有关，好发于头皮敏感者等人群。植发后遗症目前尚未明确有其他诱发因素。
植发手术切口过深会损伤头皮下的神经，导致头皮的感觉异常。种植的毛发过深，种植时捎带碎发或分离毛囊时所带表皮过多也会在术后引起囊肿和毛囊炎。