乙肝病毒的潜伏期一般为1-6个月，平均为3个月。
乙肝病毒感染人体后可以表现为病毒携带者、急性乙肝患者和慢性乙肝患者。乙肝病毒感染后潜伏期的长短及病情的轻重程度受到很多因素的影响，包括患者的年龄和免疫状态、乙肝病毒的基因型、病毒变异、病毒复制的水平，以及是否同时感染其他嗜肝病毒和是否饮酒等多种因素有关。
乙肝病毒感染，多数表现为病毒携带者和慢性患者，作为最大的传染源，其传染性与体液中HBV-DNA含量关系成正比，只有少部分乙肝病毒感染后表现为急性乙肝，急性乙肝患者在潜伏期末就具有传染性。慢性HBV感染的自然病程可以分为四个阶段：免疫耐受期、免疫清除期、非活动或低复制期以及再复制期。