由于莱姆病在临床上难以证实病原体是否被彻底清除，而且在治疗后较长一段时间内，患者常表现为一些症状的持续存在，因此抗生素治疗的疗程还没有统一规定，现在只有一个治疗原则。第一期，成人常采用多西环素0.1g，每日口服2次，或红霉素0.25g，每日口服4次。小于9岁以下的儿童，服用阿莫西林，每日50mg/kg，分4次口服。对青霉素过敏者用红霉素，疗程均为10-21天。第二期，无论是否伴有其他神经系统病变，患者出现脑膜炎就应静脉给予青霉素G，每日2000万单位以上，疗程为10天。第三期，晚期有严重心、神经或关节损害者，可应用青霉素G，每日2000万单位静滴。也可应用头孢曲松钠2g，每天1次，疗程均为14-21天。另外，注意对症治疗，患者宜卧床休息，注意补充必要的液体。