生理脱毒的阶段大约需要1-2周，个别人有可能会超过2周，甚至达到3周左右的时间。
一般戒毒需要经历三个阶段，生理脱毒阶段是第一个阶段，也是最痛苦的阶段，患者在长期吸食毒品后会产生身体的依赖性，当停止吸食毒品后的几个小时到一天以内，身体会产生戒断反应。具体表现为躯体的疼痛，首先是骨头疼痛，然后蔓延到全身，身体忽冷忽热、打呵欠、流眼泪，有的人有腹泻等等各种难受痛苦的症状。一般在出现戒断反应后的1周内达到高峰，随后症状逐渐减轻，然后消除。生理脱毒阶段是最痛苦的阶段，最好是在专门的戒毒医院或者戒毒所度过，因为有药物和医疗上的支持，可以帮助戒毒者减轻痛苦。
患者经过了生理脱毒阶段以后并不表示完全戒毒，后期仍然需要心理疏导、正面教育、加强体育的锻炼。患者尽量避免喝酒，需要家人及时监督和帮助，慢慢的回归社会。