新生儿腹膜炎的临床表现主要为腹胀，腹壁颜色发青或发红，腹壁静脉曲张，腹肌张力增高，触摸腹部时，新生儿有明显的痛苦表情，排气减少，也可以有败血症的表现，新生儿不吃、不哭、反应差或者有发热。
实验室检查主要表现为白细胞明显的增高或者降低、血小板降低，感染指标如降钙素原或者C反应蛋白明显的升高。如果做腹腔穿刺，可见血性或者草绿色的液体，内科保守治疗效果不好。