本病最常见的症状包括肠易激惹、头痛、偏头痛、疲劳、行为异常和荨麻疹，部分患者可诱发哮喘发作。食物不耐受与多种慢性病有关，可累及消化、神经、心血管等全身多个系统及皮肤，其中以消化系统最为常见。
1、循环系统：食物不耐受症会引起血压增高，表现为头痛、头晕等症状。
2、消化系统：食物不耐受症会影响消化道，产生恶心、腹痛、腹泻、口臭、嗳气、胀气等症状。
3、皮肤系统：患者会出现湿疹、面疱、指甲和头发脆性大、荨麻疹、皮肤干燥等症状。
4、神经系统：食物不耐受症会导致焦虑、困惑、忧郁、暴躁易怒等症状。
5、呼吸系统：出现气喘、慢性咳嗽、咽喉痛、鼻腔分泌物增多、鼻后黏液分泌、慢性鼻窦炎等呼吸道症状。
6、肌肉骨骼系统：食物不耐受症会累及肌肉骨骼系统，造成关节炎、关节疼痛。