萎缩性毛周角化病主要运用药物控制患者临床症状，缓解患者的不适，必要时可针对萎缩皮损给予局部手术治疗和激光治疗。
一、药物治疗
1、维生素：维生素A、维生素E，主要在毛囊角栓性丘疹期间服用，以达到避免皮肤、黏膜干燥、脱屑等效果。
2、维A酸：如他扎罗汀外用，此类药物的目的是减少皮肤角质形成，从而辅助改善萎缩性毛周角化病的丘疹症状。
3、角质溶解剂：临床常用的有水杨酸、乳酸、尿素等药物，配合维A酸外用，其目的是软化角质，进一步改善丘疹症状，但此类药物一般无法减轻红斑。
4、糖皮质激素：常用的如地塞米松，在患者出现明显炎症反应时可短期联合使用激素类药物，其目的是减轻炎症反应，缓解严重的水肿、皮痒等症状。
二、手术治疗
对于严重的萎缩性皮损患者，临床上药物治疗效果不佳时，必要时可给予磨削术或外科植皮术来改善局部皮肤的外观；对于头部脱发者可以给予毛发移植手术，即取后枕部健康毛囊移植到头发稀疏处，改善外观。
三、其他治疗
激光治疗：用于辅助治疗，来改善毛囊周围的红斑和粗糙的皮肤，从而达到暂时性改善萎缩性毛周角化病的皮肤症状，减轻患者临床症状，从而提高患者生活质量。