由于食管胃黏膜异位症多数可能由于先天因素所致，故无法从根源上预防，但可通过控制后天的诱发因素防止其进展，如戒烟、戒酒，日常注意饮食卫生，积极治疗幽门螺杆菌感染、胃酸反流等疾病。
（1）避免使局部受创伤、反流、感染因素的影响，如积极治疗幽门螺杆菌感染、胃酸反流，如有锐性器械所致胃创伤，需急诊治疗。
（2）戒烟、戒酒，日常注意饮食卫生，避免辛辣、生冷及其他刺激性食物，以防止刺激胃黏膜。
（3）保持规律的生活习惯，保证充足的睡眠，避免熬夜。积极参与体育运动，根据医生的建议选择适合自己的运动方式，如慢跑、快走等，提高自身免疫力。
（4）中老年人群尤其要注意保持定期体检，至少应每年一次，尽早发现，及时采取治疗方式。