有些人认为口腔溃疡和食物中缺乏锌、铁、硒等元素，或者维生素B1、维生素B2、维生素B6、维生素B12，以及叶酸的摄入不足有一定的关系，但是目前复发性阿弗他溃疡的病因非常复杂，存在明显的个体差异。研究报道的发病因素甚多，但尚未统一，绝大多数推测复发性阿弗他溃疡的发生可能是多种因素综合作用的结果，普遍认为和以下因素有关：
一、免疫因素，有人观察在得复发性阿弗他溃疡时，病人的细胞免疫、体液免疫异常，自身免疫也出现了问题。
二、遗传因素，复发性阿弗他溃疡是单基因遗传、多基因遗传，所以和遗传有一定的关系。
三、还和有系统性疾病，如胃肠系统的溃疡有一定的关系。
四、有可能和感染有关。
五、有可能有些环境因素。