由于肝囊肿为一组疾病，其病因和发病机制复杂，临床中主要遵循早期和长期、积极而理性、治疗措施个体化等原则，对肝囊肿患者进行疾病教育、影像学监测和手术治疗。
一、药物治疗
药物多选择苯并咪唑类化合物，其中甲苯咪唑、阿苯达唑较为常用，是不可缺少的治疗寄生虫肝囊肿的辅助手段，适用于无法耐受手术、包虫囊≥5cm的肝囊型包虫病。需要在医生指导下进行长期治疗，并定期随访血尿常规、肝肾功能等，以判断疗效和用药时间。
二、手术治疗
1、囊肿开窗术或去顶术：适用于肝囊肿巨大而又出现症状者。对并发感染、囊内出血者，可在开窗术后放置引流管，待引流液清亮、正常后拔除引流管。对囊液含有胆汁者，应寻找胆管漏口予以缝合、置管。
2、病变肝段或肝叶切除术：对病变局限于肝的一段或一叶，且伴有症状，或开窗术效果不佳者，也可行病变肝段或肝叶切除术。
三、其他治疗
肝囊肿还可以进行超声引导下的囊肿穿刺，适用于病变较浅，或无法手术的患者，但该方法容易复发。