先天性眼睑缺损的确切病因尚无定论，可能宫内感染、胎盘循环不良、血管系统异常有关，好发于X线照射后的胎儿和父母有先天性眼睑缺损的患儿。
1、基因缺陷：有些临床病例发现，患者的父母或父母的直系血亲中人为近亲结婚，这就可能在遗传基因层面构成缺陷，最后可能出现双亲和女儿或兄弟二人同时患病的情况。
2、外界因素：母体在妊娠期间，接受辐射、感染；服用某些存在致畸副作用的药物；外界的化学制剂污染都有可能导致胚胎在发育期间的畸形。