甲硝唑在临床上主要是用于治疗和预防厌氧菌感染、局部感染，如腹腔、消化道、女性生殖系统、呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染，对败血症、心内膜炎、脑膜炎感染以及使用抗生素引起的结肠炎也有一定的效果。
目前妇科炎症感染多数考虑是厌氧菌，所以甲硝唑在治疗妇科炎症这方面具有很大的治疗效果，如细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎、盆腔炎、附件炎、输卵管炎等多方面的妇科炎症，都可以考虑使用甲硝唑来进行对症治疗，而且效果相对不错。
如果是严重的情况下，必要时还可以配合其他的抗生素联合对症治疗，如阿奇霉素、左氧氟沙星、头孢克肟等联合甲硝唑进行对症治疗。甲硝唑最大的副作用就是可以引起胃肠道的副作用，可以出现恶心、反胃、腹胀、腹痛等一系列反应。
所以服用甲硝唑最好不要空腹服用，可以考虑在饭后半小时服用，可以减少胃肠道的刺激性反应。治疗期间饮食方面要清淡，避免各种刺激性食物的摄入。