他克莫司主要用在由狼疮性肾炎、膜性肾病、反复复发的微小病变型肾病，或局灶节段性肾小球硬化引起的肾病综合征。
在治疗的时候可以采用单他克莫司治疗，也可以他克莫司联合中小剂量的激素，或者他克莫司激素及吗替麦考酚酯一起应用。
他克莫司治疗的时候要注意监测他克莫司的谷浓度，要根据药物的谷浓度来调整剂量，谷浓度一般控制在4-6ng/ml为合适，这样可以减轻药物的不良反应，还可以达到最大的疗效。同时开始应用的时候，还需要监测血压、血肌酐和血糖。