肺栓塞一经发现就要行抗凝治疗，抗凝治疗对于肺栓塞的患者至关重要，病情好转后，还应该口服抗凝药物半年左右。
抗凝治疗的目的有两个，一方面可以避免血栓增大，加重肺栓塞的严重程度，另一方面可以避免新的血栓形成。肺栓塞一般是继发于外周静脉血栓形成，尤其以下肢静脉血栓形成最为常见。静脉血栓一旦脱落，就可以随静脉血流进入肺动脉造成肺栓塞，这是一种非常凶险的疾病，是造成猝死的重要原因，且抢救成功率低，应值得重视。血液凝结能力增强是血栓形成的重要原因，也是肺栓塞的重要原因。