射精后疼痛最常见于慢性前列腺炎病人，慢性前列腺炎病人当感染性致病微生物，波及生殖道时会导致精液感染，会导致射精时随精液将致病微生物射入后尿道中，导致后尿道充血、水肿，局部发生糜烂现象，病人会出现射精后后尿道疼痛症状。
部分病人还会出现射精后尿频、尿急，以及排尿不尽症状。病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科就医，通过精液细菌培养，通过精液支原体、衣原体培养，能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散和热淋清颗粒，联合治疗，多数病人射精后疼痛症状会明显好转。