1、尿液检查：
（1）尿沉淀涂片检查：尿沉淀涂片抗酸染色约50%~70%的病例可找到抗酸杆菌，以清晨第一次尿液检查阳性率最高，至少连续检查3次。
（2）尿结核分枝杆菌培养：尿结核分枝杆菌培养时间较长(4~8周)，但可靠，阳性率可达90%，这对肾结核的诊断有决定性意义。
（3）尿结核菌DNA检测：明确尿中是否含有结核杆菌。
（4）结核菌素试验：判断患者是否感染过结核，以及初步判断目前结核感染状态。
2、影像学检查：
（1）超声：简单易行，对于中晚期病例可初步确定病变部位，常显示病肾结构紊乱，有钙化则显示超强回声，超声也较容易发现对侧肾积水及膀胱有无挛缩。
（2）X线检查：
（1）尿路平片(KUB)：可能见到病肾局灶或斑点钙化影或全肾广发钙化。
（2）静脉尿路造影(IVU)：可以了解分侧肾功能、病变程度与范围，对肾结核治疗方案的选择必不可少。早期表现为肾盏边缘不光滑如虫蛀状，随着病变进展，肾盏失去杯形，不规则扩大或模糊变形。
（3）CT和MRI：CT对中晚期肾结核能清楚地显示扩大的肾盏肾盂、皮质空洞及钙化灶，三维成像还可以显示输尿管全长病变。MRI水成像对诊断肾结核对侧肾积水有独到之处。在双肾结核或肾结核对侧肾积水，静脉尿路造影显影不良时，CT、MRI有助于确定诊断。
3、膀胱镜检查：膀胱镜检查可见膀胱黏膜充血、水肿、浅黄色结核结节、结核性溃疡、肉芽肿及瘢痕等病变，以膀胱三角区和患侧输尿管口周围较为明显。