手足口疫苗是灭活的疫苗，手足口病疫苗又称肠道病毒71型灭活疫苗。EV71是人类肠道病毒的一种，EV71不只是引起手足口病，也会引起多种疾病，如疱疹性咽峡炎、脑膜炎、脑炎、心肌炎、脊髓灰质炎样麻痹等。
除了EV71以外，柯萨奇A组16型、埃可病毒等病毒也会引起手足口病。EV71灭活疫苗只对EV71感染引起的手足口病、疱疹性咽峡炎等疾病具有保护作用，不能预防其他型别的肠道病毒，和其他疫苗一样，接种EV71疫苗后不一定产生100％的保护效果。