轮状病毒性肠炎需要与诺氏克病毒、肠腺病毒、嵌杯状病毒、星状病毒引起的急性肠炎和因大肠埃希菌、沙门氏菌引起的细菌性腹泻相鉴别，但是较难从临床症状跟轮状病毒肠炎相鉴别，主要依赖于实验室的特异性病原学检查进行区分，轮状病毒肠炎和其他病毒性腹泻相比更为严重，包括高热（>38℃），腹泻次数增多（>7次/d），腹泻持续周期较长。