先天性巨结肠做手术风险不太大，但是需要了解的是任何一种手术都有一定的风险性，不能够完全确保不会出现危险。因此在进行手术之前，一定要注意先找医生咨询一下，选择合适的医院，最好不要选择小诊所。先天性巨结肠的手术方法有两种，主要是过渡性手术和确定性手术，这两种方法都比较常见，而且能有效治疗先天性巨结肠问题。