白血病性咽峡炎需要与再生障碍性贫血、咽部恶性肉芽肿、特发性血小板减少性紫癜等疾病鉴别。
1、再生障碍性贫血：二者需要通过测量体温进行鉴别，再生障碍性贫血和白血病性咽峡炎都会出现咽喉不适等相似病症，但再生障碍性贫血患者的体温会在39℃以上，而白血病性咽峡炎的患者体温在38℃左右。
2、咽部恶性肉芽肿：患有咽喉部恶性肉芽肿时，咽喉部位肿瘤会持续增长，但白血病性咽峡炎会出现红肿，不会无限制的生长。
3、特发性血小板减少性紫癜：特发性血小板减少性紫癜与白血病性咽峡炎，都会出现咽峡部位出血的现象，但特发性血小板减少性紫癜的出血量较大。