裂纹舌的治疗原则以控制局部感染和治疗全身系统性疾病为主，无症状者一般不需要进行治疗。
一、药物治疗
1、当舌部黏膜出现炎症时，可用洛索洛芬钠等甾体抗炎药物消炎止痛，也可以使用含漱液，如可用氯己定、碳酸氢钠漱口。含漱时必须强调将舌背拱起，去除沟中食物残渣，并使沟纹张开，浸泡在漱口液中，方能起到局部清洗和消炎作用。
2、合并白色念珠菌感染时，可口含制霉菌素或碳酸氢钠片泡水含漱。
3、伴有贫血或维生素缺乏者，可用维生素B、铁剂等内服。
4、精神紧张者可用谷维素、地西泮等。
5、有疼痛症状者，可在饭前使用局部麻醉剂漱口。
6、针对伴有全身疾病的裂纹舌患者，常常因为舌体反复感染增加进食痛苦，可以酌情给予类固醇激素缓解病情，但是容易导致其他问题，慎重应用。
7、因迟发性变态反应引起的裂纹舌，可以口服氯苯吡胺等抗组胺类药物。
二、手术治疗
裂纹舌正中纵深沟裂疼痛难忍者，可考虑手术切除沟裂部位，之后拉拢缝合，恢复外形。缝合时需要使用粗线，避免舌体撕裂，增加痛苦。术后需要辅助抗生素类药物，预防感染。
三、中医治疗
中医辨证施治：
1、火毒上炎者用清热解毒方剂，如白虎汤、清胃散。
2、阴虚内热者用滋阴清热方剂，如知柏地黄汤、麦门冬汤。