莱姆病通过抗感染治疗，绝大部分患者是可以彻底治愈的。但是确实有一少部分莱姆病患者，可以引起中枢神经系统的后遗症或者是关节损害的后遗症。对于莱姆病来说，比较容易侵犯中枢神经系统。
绝大多数病人，中枢神经系统的症状是可以彻底恢复的。但是少部分病人，可以引起慢性进展性的脑膜炎，有些病人还可以出现横贯性的脊髓炎，也可以引起瘫痪，甚至痴呆。这些在后期基本上留有长久的后遗症，属于不能够彻底治愈的病人。
另外，关节损害往往出现在莱姆病的后期，多数出现在莱姆病整个病程的半年之内，可以引起大关节的对称性的关节损害，局部关节肿胀、疼痛，活动可以受限，有些病人反复发作，最后导致慢性的关节损害，严重的患者可以出现行走困难。这一类的病人后期的关节损害，有些病人是不能够彻底恢复的，有些人甚至引起了关节的致残。