尿里出现蛋白尿和尿潜血，最主要的原因仍然是肾实质性疾病和肾血管性疾病。先是肾小球的肾炎，包括急性肾炎、慢性肾炎、急进性肾炎和隐匿性肾炎等，是由于肾小球遭到免疫的损伤，发生系膜增生、基底膜增厚，以及肾小球的硬化、间质纤维化、小管萎缩等，导致蛋白尿和尿潜血的发生。
在肾病综合征时，由于肾小球滤过膜的电荷屏障和分子屏障的破坏，大量蛋白漏出。尿潜血的发生大多数都是由于肾小球基底膜的锻炼，红细胞在排石的过程中，受到肾小球压力以及渗透压的改变等，发生畸形变化，导致尿中出现蛋白尿和尿潜血。还可以见于泌尿系感染、妇科炎症等，以及患者出现急性感染性发烧，还有受寒冷的刺激，会出现一过性蛋白尿和尿潜血阳性。