华支睾吸虫病轻症患者经过治疗，预后良好。合并病毒性肝炎者，可加重肝炎的症状、延长病程，肝功能不易恢复正常。重度感染和病程较长的重症患者，出现肝硬化、腹水或伴有病毒性肝炎等合并症时，治疗比较困难，但经驱虫治疗后，一般情况和肝脏病变也可好转。
如果患者合并病毒性肝炎时，除积极保护肝脏外，应在病情改善的基础上尽早进行驱虫治疗。