便秘的原因有很多，首先考虑结直肠传输时间延长，结肠蠕动功能下降，特别是长距离推进性蠕动的频率减少和幅度降低，无力将大便及时推送至直肠，粪便在结肠存留时间延长，水分吸收增加，所以大便变得干结。
还有直肠肛管运动不协调，排便时耻骨直肠肌或肛门外括约肌收缩，此时直肠肛管的压力梯度为负值，直肠的推力无法将粪便排出体外。还有直肠感觉异常，直肠感觉迟钝，直肠壁受压力刺激，引起变异的阈值增高，无法发放排便冲动。
还有其他的原因，如大肠的分泌功能下降，小肠消化间期移行性复合运动周期延长，传导速度降低，食管排空，胃排空，胆囊排空障碍等。