吃巧克力以后头疼，常见于偏头痛引起。偏头痛是一种反复发作的头痛疾病。偏头痛的发作常常有诱因，常见的诱因有睡眠障碍、过劳和饮食等。常见诱发偏头痛的食物有巧克力、酒，尤其是红酒，含酪胺的食物，含咖啡因的饮食，味精，含亚硝酸盐的食物等。
此外，偏头痛女性相对更为多见，常开始于青春期发病，至更年期后可逐渐减轻或消失。偏头痛的发病机制，目前尚不十分清楚。因此吃巧克力以后头痛，需考虑偏头痛的可能。