多囊卵巢综合征的发病机制非常复杂，有些方面目前还在研究中。目前已经认识到多囊卵巢综合征是涉及内分泌、代谢、遗传等多因素内分泌与代谢紊乱疾病，具有高度的抑制性。高雄激素表现高雄激素血症和胰岛素抵抗，高胰岛素血症被认为是两个基本的病理生理特征。不同患者的病理生理特征差异很大，也有可能存在无周期性变化的雌激素水平，而H值升高、FSH正常或者降低等。GNRHBLH脉冲分泌异常导致促性腺激素分泌不协调，LH泡膜细胞系统功能亢进，FSH颗粒细胞系统功能受阻等。另外，一个重要的病理生理改变，就是卵泡募集后发育的小豆状卵泡，不能继续发育成熟，即优势卵泡选择受阻，所以在B超上出现不成熟的小卵泡，而称为多囊卵巢综合征。目前发病的机制还没有完全明确，需要进一步研究，所以多囊卵巢综合征的发病考虑多方面因素引起。