对于病毒以及支原体等不典型菌感染引起的感染原因所致的间质性肺炎，病毒感染选用疗效确定的抗病毒药物，比如甲型流感及乙型流感，可以在急性期48小时内选择奥司他韦抗病毒治疗，支原体感染选择应用大环内酯类及喹诺酮类的抗生素，大环内酯类抗生素包括常见的阿奇霉素，罗红霉素，克拉霉素以及红霉素等，喹诺酮类抗生素主要包括莫西沙星，左氧氟沙星，环丙沙星等，抗生素要给予足量足疗程的治疗。其次是对症支持治疗，休息，吸氧补充营养，或者选择合适的中医中药治疗。对于不明原因性非感染性间质性肺炎的治疗目前争议很多，也没有特殊的针对间质性肺炎治疗的药物，间质性肺炎的治疗还在探索阶段。目前的治疗原则是对于营养状态差的患者给予积极补充蛋白质，如果合并肺源性心脏病，胃肠道淤血的患者，建议使用营养丰富而且易消化的食物。对于病情进展迅速的患者必要的时候可以采用糖皮质激素治疗，治疗期间要注意监测患者的血糖，要控制碳水化合物的摄入，补充足量的蛋白质。如果血糖升高需要按照糖尿病患者的饮食的要求来管理。其次还可以联合中医中药来调理治疗间质性肺炎，辅助的治疗是可以给予吸氧。如果患者呼吸困难严重，低氧严重，可以给予呼吸机来辅助通气，然后还要注意合并症和并发症的治疗，注意康复和功能锻炼。晚期的患者，肺移植是唯一的有效治疗措施。