医院感染也可以称为医院内感染、院内感染或医院获得性感染。中国2001年统一定义为医院感染，主要是指住院患者在医院内获得的感染，包括在住院期间发生的感染和在医院内获得，出院以后又发生的感染，但不包括入院前已经开始或入院时已存在的感染。
医院工作人员在医院内获得的感染，也属于医院感染。它可以分为外源性感染和内源性感染，外源性感染又称为交叉感染，是指携带病原体的医院内患者、工作人员以及探视者，以及医院环境中细菌的侵袭或定制造成的感染。
内源性感染也可以称为自身感染，是指患者自身的皮肤、口腔、咽部和胃肠道等处寄生的正常菌群，由于数量或者寄生部位的改变而引起的感染。