法莫替丁和奥美拉唑都属于抑制胃酸分泌的药物，但奥美拉唑要比法莫替丁作用更强，临床应用也更多。它们都常用于消化性溃疡，以及其它胃酸分泌过多疾病的抗胃酸治疗，但它们抑制胃酸分泌的机制不同。
法莫替丁为H2受体阻断药，通过阻断胃壁细胞上的H2受体抑制胃酸分泌，而对其它通道的胃酸分泌无法阻断，因而抑制胃酸作用不如奥美拉唑。奥美拉唑属于质子泵抑制剂，对多渠道来的胃酸都有抑制作用，所以它是所有抗胃酸分泌药物中作用最强，临床应用也最广的药物。