扁桃体的作用和功能主要是防御功能，扁桃体本身位于咽腭的两侧，是呼吸和进食的重要通道，它的功能主要是可以产生淋巴细胞和抗体，能够抵御细菌或病毒的感染，通常情况下不太容易发炎。
如果身体抵抗力弱或者抵抗力低下的情况下，细菌和病毒也会侵犯扁桃体，造成扁桃体的发炎，病人会有发烧、嗓子痛等情况，如果是扁桃体的反复发炎，还要把它切除。扁桃体本身因为在7-14岁逐渐急性萎缩，所以如果在14岁以后，也就是成年人的免疫功能可能就表现得不明显。