低位肛瘘的治疗方法主要是手术，不手术低位肛瘘无法治愈的。低位肛瘘的手术方法分以下三种：第一种是肛瘘切开术，就是沿瘘管将瘘管表面的皮肤和肌肉全部切开，这种方法是最可靠的方法，优点是治愈率高，但是创面比较大，愈合较慢。第二种瘘管切除缝合术，就是将肛瘘全部切除，创面缝合起来，这种方法的优点是愈合快，但其缺点是伤口易感染，有一定复发率。第三种是括约肌间瘘管结扎术，其优点是微创，对肛门括约肌没有损伤，对肛门功能影响小，其缺点是复发率高，复发率大概10%左右。