角膜溃疡的病因和发病机制极为复杂，一般分为感染性和非感染性，不同类型其病因不尽相同，即使在同一类型中也存在异质性，好发于角膜损伤者，眼部外伤、慢性眼疾、长期佩戴隐形眼镜、免疫力低下等因素可诱发角膜溃疡。
一、主要病因
1、感染性角膜溃疡：一般是微生物感染引起，常见原因是细菌、病毒、真菌、棘阿米巴原虫等感染引起。细菌感染最常见，致病菌主要有金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟菌、大肠埃希菌等。真菌感染主要的致病菌有镰刀菌、曲霉菌、白念珠菌、链格孢霉菌等；病毒感染主要的致病菌有单纯疱疹病毒、水痘病毒、带状疱疹病毒等。棘阿米巴原虫感染比较少见，可因棘阿米巴原虫或包囊感染引起。
2、非感染性角膜溃疡：超敏反应与自身免疫型有关，较少见，如自身免疫因素引起角膜胶原酶激活，导致角膜组织发生溶解，形成溃疡，如蚕食性角膜溃疡、角膜周边部溃疡。
二、诱发因素
1、外伤：眼外伤如植物、微粒(如沙子、玻璃或小块钢铁)等划伤或擦伤角膜，容易引起角膜损伤，角膜损伤是感染性角膜溃疡的主要诱因。
2、化学性损伤：带腐蚀性的化学物品飞溅损伤角膜，也可诱发角膜溃疡。
3、慢性眼疾：一些慢性疾病如眼睑缺损、睑外翻、眼球突出、上睑闭合不全等，可影响眼睛完全闭合，会使角膜干燥，从而诱发角膜溃疡。
4、长期佩戴隐形眼镜：持续性佩戴隐形眼镜，特别是佩戴过夜的人群且卫生清洁不佳者，角膜溃疡形成的风险较普通人群会增加十倍。
5、免疫力低下：如长期应用糖皮质激素或免疫抑制剂或久病后体质虚弱者，因免疫力低下，会增加病原微生物感染的机会，从而诱发角膜溃疡，机体疲劳也可以引起机体抗病能力减弱，诱发角膜溃疡。