支原体感染之后，可以引起上呼吸道感染和肺炎两种疾病，支原体引起的呼吸道感染主要见于儿童和青少年，在成人当中也比较常见，一般支原体导致的上呼吸道感染症状比较轻，多数以咳嗽为主要症状，少部分患者伴有发热，预后良好。
支原体引起的肺炎在儿童当中，部分患者可以出现严重的双肺炎，同时伴有肺外的并发症而导致死亡，如脑膜炎、脊髓炎、心肌炎、心包炎、免疫性溶血性贫血和肾炎等。成人支原体肺炎症状相对比较轻，主要是乏力、头痛、肌痛、咽痛、咳嗽，咳嗽症状特别明显，多为发作性咳嗽，夜间特别重，持久的阵发性咳嗽是支原体肺炎，较为典型的症状，一般伴有中等度发热，也可以不发热，可伴有鼻咽部和耳部的疼痛，很少引起肺部实变，整个病程当中，患者可以无任何阳性体征。