支原体的感染，病情完全恢复的时间取决于支原体感染的部位。如果是单纯引起上呼吸道的感染，病程相对比较短，而且轻的支原体感染可以不应用抗支原体的药物治疗。患者可以通过自身的免疫力既可以清除支原体，短者病程为1周，长者可能持续2周。
但如果支原体引起下呼吸道感染，也就是引起支气管炎或肺炎，此时病程有所延长，通常需要应用抗支原体药物进行治疗，病程一般在2周左右。如果支原体引起泌尿生殖道的感染，通常疗程恢复时间更长，通常需要在2-3周。泌尿生殖道感染的患者应用抗支原体药物后，部分患者可能复发，所以治疗泌尿生殖道的感染，通常疗程要比治疗肺部感染疗程要长。