肾囊肿长到超过5cm的时候，这时候通常可以考虑手术，但是具体要不要手术还要看肾囊肿位置，以及肾囊肿的个数等来进行决定。肾囊肿是由膨大的肾小管憩室构成，肾囊肿形成以后会不断长大，大到一定程度以后可能会压迫肾脏的组织，从而导致病人出现部分组织失功能或者肾积水、尿路感染等，所以这时候需要做手术治疗。
通常囊肿大于5cm就可以考虑做手术，如果囊肿向外生长，手术还可以再延缓。如果囊肿超过三个，大小大于5cm，这时候需要手术。手术通常选择穿刺抽出囊液、打硬化剂，或者去顶减压，甚至必要的时候会做肾囊肿切除术。