全身麻醉期间，最严重的并发症是呼吸道的梗阻，其中最常见的是上呼吸道的梗阻。由于镇静药、镇痛药、全麻药，以及肌肉松弛药的应用，使下颌骨及舌肌松弛。当病人仰卧时，由于重力作用，舌后坠阻塞呼吸道。其它比较常见的有：呼吸抑制、低血压和高血压、心肌缺血，体温的变化，术中知晓和苏醒延迟、恶心呕吐。全身麻醉最严重的并发症是恶性高热，是指有某些麻醉药引起的全身肌肉强烈收缩，并发体温急剧上升，以及进行性循环衰竭的代谢亢进危象，病死率高达73%。如果进行及时有效的治疗，可使病死率降至28%，其发病机制尚不完全清楚，一般多认为是有家族史，并有肌肉细胞存在遗传性的生理缺陷引起的。