非结核分枝杆菌病的治疗方式主要以药物治疗为主，常用的药物有利福平、多西环素、妥布霉素及阿莫西林克拉维酸钾等，该病需要长期持续性治疗。
一、一般治疗
患者应保证卧床休息，可对症进行退烧、止痛处理，同时应加强营养，保证机体供给平衡，才能更好恢复。
二、药物治疗
1、利福平：为利福霉素类半合成广谱抗菌药，对多种病原微生物均有抗菌活性；利福平口服吸收良好，服药后1.5~4小时血药浓度达峰值。消化道反应最为多见，口服该品后可出现厌食、恶心、呕吐、上腹部不适、腹泻等胃肠道反应。肝功能严重不全、胆道阻塞者和3个月以内孕妇禁用。
2、多西环素：为广谱抑菌剂，高浓度时具杀菌作用。胃肠道反应多见，如恶心、呕吐、腹泻等，饭后服药可减轻。8岁以下儿童应避免使用多西环素。老年人长期使用对肝有损伤，应慎用。
3、妥布霉素：为氨基糖苷类抗生素药，本品不同剂型、不同规格的用法用量可能存在差异，请阅读具体药物说明书使用，或遵医嘱。全身给药合并鞘内注射可能引起腿部抽搐、皮疹、发热和全身痉挛等。停药后如发生听力减退、耳鸣或耳部饱满感，须注意耳毒性。对本品或其他氨基糖苷类过敏者、本人或家族中有人因使用链霉素引起耳聋或其他耳聋者禁用。
4、阿莫西林克拉维酸钾：常用剂型有片剂、颗粒剂等。为β内酰胺类抗生素、青霉素类药，克拉维酸为β-内酰胺酶抑制剂，对耐药菌产生的β-内酰胺酶有强效广谱抑酶作用。用于治疗各类感染。本品不同剂型、不同规格的用法用量可能存在差异，请阅读具体药物说明书使用，或遵医嘱。可见恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等胃肠道反应和皮疹、哮喘等过敏反应。青霉素过敏及青霉素皮肤试验阳性患者禁用。