婴儿痉挛症具体发病机制尚不明确，多数患儿伴有明确的原发病，临床检查可见脑部异常，少数无法明确病因，甚至没有其他神经系统症状。
一、主要病因
1、特发性婴儿痉挛症：未发现明确病因及其他神经系统症状和体征，可能有家族史。
2、症状性婴儿痉挛症：有明确原发疾病，例如脑发育畸形，包括积水性无脑、无脑回畸形、半侧巨脑症等；胼胝体发育不良；皮质发育异常等；染色体畸形；遗传代谢性疾病，如苯丙酮尿症、四氢生物蝶呤缺乏症、线粒体病等。
二、诱发因素
1、产前：若在胎儿期出现基因突变、脑发育畸形，或者因遗传患有代谢性疾病，则会诱发婴儿痉挛症。
2、围生期：患儿可因缺血缺氧性脑病或颅内出血，引起婴儿痉挛症。
3、产后：当患儿免疫力下降，出现中枢神经系统感染，则会引发婴儿痉挛症。