1、实验室检查：血清透明质酸、vWF-裂解蛋白酶、AD-AMTS13和CA125已被评价作为肝小静脉闭塞症的早期标志。其他内皮损伤标志，如血栓调节蛋白和P选择素也增高。
2、体格检查：可以观察患者皮肤有无存在发黄的现象，同时可以用手指按压患者小腿侧，观察患者是否存在水肿的现象。
3、影像学检查：
（1）腹部多普勒超声：腹部多普通超声是一线的影像学检查方法，可发现腹水、肝大、肝静脉变细和(或)胆道扩张等表现。然而，这些特征都不具有诊断特异性，必须结合临床情况综合考虑。
（2）脉冲多普勒超声：观察到门静脉血流减少或逆向可提示肝小静脉闭塞症，二维超声图中肝动脉阻力指数显著升高可能是肝小静脉闭塞症相关性肝损伤的一个敏感指标。
（3）CT和MRA：CT可见肝脏斑片状增强，CTA或MRA可除外肝静脉流出道阻塞，以与布加综合征鉴别。
（4）肝静脉导管术：可测定肝静脉压力梯度，行肝活检，有助于判断预后。
4、组织学检查：早期的组织学异常包括伴小叶中央环伺的肝窦充血和之后的肝小静脉纤维性闭塞性病变，伴位于腺泡三区的组织学损伤，通常在发病几周后出现肝纤维化。