克罗恩病治疗的目标主要是诱导和维持缓解，对于急性期诱导缓解，可以根据病情的轻重运用不同的药。如果是局限于结肠的克罗恩病，美沙拉嗪类、氨基水杨酸类药有可能有效。绝大多数克罗恩病尤其是活动期的克罗恩病，需要糖皮质激素的诱导、缓解，需要使用免疫抑制剂维持。
如果糖皮质激素不能诱导缓解，此时有可能需要用生物制剂，比如英夫利昔单抗、阿达木单抗帮助诱导缓解。克罗恩病是慢性疾病，所以维持治疗尤其关键，用药需要四年以上或终身服药。克罗恩病的维持治疗多用免疫抑制剂，硫唑嘌呤、英夫利昔单抗进行维持治疗。