脑血栓发生在不同的部位，会有不同的临床症状表现，发生于后循环，又称椎基底动脉系统。患者最常见的表现是头晕、呕吐、行走不平稳、站立不稳定，窒息或者吞咽困难、声音嘶哑。如果发生在大脑后动脉供应的枕叶，又称视皮层，会出现突发性的视野缺损、看不清。
如果发生在顶叶感觉区，半侧肢体都会出现麻木，如果发生在额叶运动期，会出现对侧的肢体偏瘫，还可以出现言语欠流利，或者听不懂他人的语言、缺乏定向认知能力等症状，这些症状与不同部位的不同症状有关系。因此并不是所有的脑血栓都有相同的症状，但是不同部位的血栓会有不同临床症状，所以脑血栓的临床表现是综合性表现，每个人都不一样。